壹、問題背景
特偵組設立之法源依據為法院組織法第63條之1。依據該條文，犯罪行為人如果屬於1.高級官員涉及貪瀆犯罪：涉及總統、副總統、五院院長、部會首長或上將階級軍職人員之貪瀆案件。2.重要的選舉舞弊：選務機關、政黨或候選人於總統、副總統或立法委員選舉時，涉嫌全國性舞弊事件或妨害選舉之案件。3.其他特殊重大犯罪，檢察總長指定：特殊重大貪瀆、經濟犯罪、危害社會秩序，經最高法院檢察署檢察總長指定之案件。
人民對於特偵組的立法期待，係期待特偵組應是勇敢「打老虎」（非追殺前朝、不辦當權者）的正義化身，然而這番立法美意，似乎經不起諸多個案的考驗，於諸多涉及政治性案件中，特偵組選擇性執法的政治性格表露無疑。例如：2012年特偵組起訴陳前總統隱匿公文，對於外界質疑「隱匿公文」顯非「貪瀆案件」，特偵組擴張解釋認為，所謂貪瀆案件包括公務員「瀆職」；但同樣涉及公務員瀆職案件，蔡英文告劉憶如擔任經建會主委時「變造文書」，特偵組卻以非貪污案件為由拒辦，公然「選擇性辦案」。
尤其甚者，
2006年法院組織法修訂第63條之1，原係考量「檢察一體」尚未為法律所具體化、細緻化，地方檢察官偵辦貪瀆案件，恐因考量地方派系、地方人際牽制而無力貫徹中央廉能政策，惟2011年立法院已通過法官法之立法，將「檢察一體」予以明文規範，法院組織法第63條之1立法原意亦失所附麗。
基此，民進黨立委李俊俋於立法院提案「刪除法院組織法第63條之1」，獲得包括：國民黨立委陳根德、親民黨立委李桐豪等跨黨派立委連署支持，該法案之案由為：鑒於最高法院檢察署設特別偵查組之設置，與行政院於2011年7月20日所成立之法務部廉政署相去不遠，有疊床架屋、浪費行政資源之嫌。況且現行廉政署之組織、程序及執行等相關規範已相當周延縝密，對人權之保障更臻明確。爰擬具「法院組織法刪除第六十三條之一草案」，俾使國家肅貪查弊機制更加完善。其提案說明為：一、緣最高法院檢察署設特別偵查組之成立，起於1970年之美國「水門事件」，賦予獨立檢察官有超然權力偵辦當權者，然觀察其於歷史操作上，具有因權限不受控制且無監督機制，易使其捲入政治漩渦之諸多流弊，美國於1999年業已將此制度予以廢除，先予敘明。
二、特偵組自開始運作以來，一方面積極法辦民進黨執政時期之官員，另一方面卻對當前執政之高官要員，特偵組卻採取消極放縱之態度。特偵組諸多執法偏頗之行徑，例如：2008年於陳前總統偵結前，特偵組全體檢察官召開「政治對賭」記者會，揚言辦不下去就下台，嚴重踐踏檢察官「客觀性義務」；濫權起訴前總統府資政吳澧培、前外交部長黃志芳、前國安會秘書長邱義仁，均獲法院判決無罪定讞，已普遍造成社會對司法之不信賴感。
貳、主要問題
特偵組除了有「選擇性辦案」的政治力介入問題外，其制度上的問題，尚包括：
（一） 迴避分案規則
法律上，特偵組檢察官之權限與一般基層檢察官權限無異，原本人民普遍認為，特別重大的案件要一個特別的組織，因為其具備有特別的權能，可以使犯罪偵查更為順暢。但是，誠如前述，立法者在法院組織法這一部「組織法中」僅僅描述了特別偵查組的組織架構，立法者並沒有在這一部組織法中或者是其他「行為法」中，賦予特別偵查組如何特殊之權力。換言之，最高檢察署的特別偵查組檢察官們，偵查犯罪的權力，事實上與一般地區檢察官無異。但在特偵組偵辦扁案及前朝官員的諸多個案中可發現，特偵組藉由法院組織法規定，可迴避分案規則，檢察總長有權將案件交由總統或總長「信賴」之檢察官承辦，而不會造成地方檢察官有「失控」的「麻煩」。
惟特別偵查組的設立，實已犧牲一般管轄以及分案規則，其運作的真正效果，恐在於「規避分案規則」，讓檢察總長可對重大政治案件，交給其所信賴之檢察官來辦。
（二）檢察總長掌握（干預）偵查
檢察總長本有指揮以及案件收取權、移轉權限，依據法院組織法第63條規定，檢察長或檢察總長對於下屬檢察官有指揮權限。又依據法院組織法第64條規定，若檢檢察長或者是總長對於下屬檢察官承辦案件的狀態不滿意，其有親自處理案件的案件收取權，又或者有移轉案件給其他檢察官的案件移轉權限。
然而案件收取權本身即有爭議，諸多討論論及前揭案件收取權限，最常見的說法是，檢察官偵辦刑事案件應該有其獨立性。檢察長若非出於檢察官行為有明顯不當或者違法行為，則檢察長應當尊重檢察官之「獨立性」。惟實然面上，封閉性亟高的檢察系統中，少有檢察官會完全忽視長官眼光。
基此，如果承認實務檢察官不可能不考量上級檢察長的想法，則檢察官獨立性乃用於檢察官體系對外，而無法用於檢察官體系內，然而獨立性可以存留於檢察官體系之內，勉強只能用「客觀性義務」與「分案規則」來維持。惟前述提及檢察長案件收取權、案件移轉權以及指揮權限皆可能傷及「檢察官獨立性」，而進一步造成檢察官難以維持「客觀性義務」。尤有甚者，最高檢察署特別偵查組的成立，基本上應屬於檢察總長關於案件收取權、案件移轉權以及指揮權的「升級版」。
前述的案件收取權、案件移轉權以及指揮權都是「案件經過分案」之後的移轉案件手法，而特別偵查組的成立，是在事前，檢察總長就可以就將特定案件移轉於自己手中。由「事後」變成「事前」，承辦的主要主任檢察官又屬於檢察總長欽點，而總長的背後，極可能就是總統的指示，而有政治介入之高度可能，這個現象在2008年國民黨完全執政後，格外明顯。
（三）錯亂檢察系統內部監督機制
特偵組設置於最高檢的位階設計，也錯亂了檢察系統起訴後之運作體制與內部監督機制，舉例而言，特偵組起訴之案件仍從地方法院開始審理，案件上訴二審後，二審檢察官對於他的上級最高檢特偵組所起訴案件，縱發現有違失之處，亦無導正之期待可能。
參、主張
我國刑事訴訟法中，針對維持檢察官「客觀性義務」的「法治」制度，少到連特偵組公然踐踏「客觀性義務」，甚至涉嫌教唆偽證、恐嚇證人，都未見究責，而特偵組制度又存有「管轄、分案制度」的破壞，以及檢察總長「案件收取權以及移轉權」之政治力介入高度可能，「最高」檢特偵組的權力集中，恐是導致檢察官違法濫權又肆無忌憚的主因，而這樣的刑事程序明顯向檢察官傾斜，使得特定政黨的被告防禦權受到侵害又無救濟管道，這形成的「有權利未必有救濟」的非法治狀態，已使被檢察官濫權侵害的人民，尋求體制外救濟獲得正當性基礎，嚴重動搖我國之民主法治秩序。
一個司法制度的好壞，必須經過時間與個案的檢驗，1999年美國國會即讓功能不彰、介入政爭的獨立檢察官制度走入歷史；又參考日本特搜部的制度設計，係將特搜部設於地方檢察署內，不會發生我國特偵組之權力集中問題；再者，2013年4月南韓成立32年的中央搜查部（相當於我國特偵組）也因為民眾質疑政治介入，正式走入歷史。是故，我國特別偵查組的權力集中、辦案不公問題，從前述美國、日本和南韓的法例以觀，已無存立空間。
基此，民進黨作為負責任的最大在野黨，應思考如何建構一個人民可信賴的制度，讓在體制內被侵害的人民能回到體制內尋求救濟，並對違法濫權的檢察官究責。故對於特偵組的存廢問題，基於避免高階檢察官插手案件管轄以及分案制度，使檢察官淪為政爭工具，以維持檢察官獨立性以及客觀性，重建司法威信，短期而言，在檢察官民主法治素養未受全民信賴之前，應修法裁撤特偵組，這也是損害控管，讓偵查公職犯罪的權限回歸地檢署，並得視情況與需要，於地檢署內為任務編組進行偵查；而檢察官改革的中長期規劃，即應避免「人治」惡習再次浮現，需透過「法治」制度的建構，進行整體的調整與控制，我們將推動「檢察官法」的立法，以制度處理檢察官的保障、監督與究責機制建制的課題。